バーチャルスライドスキャナー画像（.ndpi）からオリジナルTIFFイメージを取り出す際のTips〜ギガバイトイメージの画像解析入門〜

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はじめに

今回、バーチャルスライドスキャナー画像（.ndpi）の取り扱い方を取り上げる。

.ndpiという画像フォーマットは、浜松ホトニクス社が提供するHamamatsu formatの１つである。

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NDPIファイルは「独自メタデータを持つシングルファイルTIFF-likeな形式」であり、一般的によく使われるTIFFとかPNGと比べて、なかなか扱いにくい形式である。

また、TIFF-like形式というのは実際、Compress TIFF 形式で格納されていて、ImageJではその形式に対応したプラグインを導入する必要がある。

NDPIToolsのセットアップ

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NDPITools HPから、ndpi2tiff、ndpisplit、ImageJ pluginsをダウンロードして、セットアップしてみる*1。

まず、Mac版wgetのセットアップは、以前の記事を参考のこと。

skume.hatenablog.com

また、Fiji/ImageJについては以下のURLでダウンロード・インストールしておく。

https://imagej.net/Fiji.html#Downloadsimagej.net

以下、MacOSX版とLINUX版でのセットアップについて概説する。

#MacOSX版
#Pkg installerのダウンロード
$ wget https://www.imnc.in2p3.fr/pagesperso/deroulers/software/ndpitools/download/ndpitools-1.8/macosx/ndpitools-1.8.pkg

#インストール
$ open ndpitools-1.8.pkg
$ rm -rf ndpitools-1.8.pkg
#あるいは
#ndpitools-1.8.pkgをダブルクリックして、インストールする。

#パスの確認
$ which ndpi2tiff
#/usr/local/bin/ndpi2tiff

$ which ndpisplit
#/usr/local/bin/ndpisplit 

#ImageJ pluginsのインストール
$ wget https://www.imnc.in2p3.fr/pagesperso/deroulers/software/ndpitools/download/ndpitools-1.7.2/NDPITools_.jar

#.jarファイルをFiji/ImageJのプラグインフォルダに移動させる
$ mv ./NDPITools_.jar /Applications/Fiji.app/plugins

一応、Linux版のセットアップについてもふれておく。

#Linux版のセットアップ
#ndpi2tiff
$ wget https://www.imnc.in2p3.fr/pagesperso/deroulers/software/ndpitools/download/ndpitools-1.8/lin64/ndpi2tiff
$ chmod a+x ndpi2tiff
$ sudo mv ndpi2tiff /usr/local/bin

#ndpisplit
$ wget https://www.imnc.in2p3.fr/pagesperso/deroulers/software/ndpitools/download/ndpitools-1.8/lin64/ndpisplit
$ chmod a+x ndpisplit
$ sudo mv ndpisplit /usr/local/bin

# プラグインの設定
$ wget https://www.imnc.in2p3.fr/pagesperso/deroulers/software/ndpitools/download/ndpitools-1.7.2/NDPITools_.jar
#Fiji/ImageJのプラグインフォルダに移動させる

NDPIテストファイルのダウンロード

次に、テストデータ（CMU-1.ndpi）をダウンロードして、実行例を概説する。

#フォルダ作成
$ mkdir test01

#フォルダ内に移動
$ cd test01

#テストデータのダウンロード
$ wget http://openslide.cs.cmu.edu/download/openslide-testdata/Hamamatsu/CMU-1.ndpi

ndpisplitコマンドを用いたNDPIファイルの展開

ndpisplitを使って、CMU-1.ndpiからオリジナルTIFFイメージを抽出する。

#（デフォルト: 全部出力、JPEG圧縮TIFFファイル出力）
$ ndpisplit CMU-1.ndpi

#メモリ4000MB制限、JPEG出力、x1.25の抽出、ログ出力`-K`
$ ndpisplit -m4000j75 -x1.25 -K CMU-1.ndpi

#メモリ4000MB制限、非圧縮出力、x5の抽出、ログ出力`-K`
$ ndpisplit -m4000n -x5 -K CMU-1.ndpi