- はじめに
- 公共（バイオ）画像データのリポジトリ
- Dataset Search - Google
- Kaggle - image
- BioImageDbs - Bioconductor
- BioImage Archive (EMPIAR, Cell-IDR and Tissue-IDR)
- BIAFlows
- Broad Bioimage Benchmark Collection
- CELL TRACKING CHALLENGE
- Segmentation Dataset for Transmission Electron Microscopic Cell Recordings, University of Freiburg
- zenodo
- Academics Torrents
- Tissue Image Analytics (TIA) Centre
- Allen Institute for Cell Science
- Object Research Systems
- Genomic Data Commons Data Portal
- National Cancer Institute, NIH
- Cancer Imaging Archive
- Osirix | DICOM Image Library (CT dataset)
- American Association for Anatomy's Virtual Microscope Database (バーチャルスライドデータ)
- Beelden Pathologie (病理画像)
- NEURODATA (コネクトームデータ)
- Nanotomy: Large-scale electron microscopy (EM) datasets
- Michigan Histology and Virtual Microscopy Learning Resources
- Cell Image library, Center for Research in Biological Systems, University of California, San Diego
- miniJSRT_database | 日本放射線技術学会 画像部会
- コンペ系
- まとめサイト
- 参考資料
はじめに
ライフサイエンス・基礎生物、医療・医用などの画像データを中心に、 機械学習・深層学習に使えそうな、データセット関連のページリンクをまとめてみた。
【24 June 2021, updated】随時更新予定
公共（バイオ）画像データのリポジトリ
Dataset Search - Google
「segmentation」で検索した結果
「3d sem」で検索した結果
Kaggle - image
https://www.kaggle.com/tags/image-data
Find Open Datasets and Machine Learning Projects | Kaggle
BioImageDbs - Bioconductor
BioImage Archive (EMPIAR, Cell-IDR and Tissue-IDR)
Home < BioImage Archive < EMBL-EBI
BIAFlows
Broad Bioimage Benchmark Collection
Image Sets | Broad Bioimage Benchmark Collection
CELL TRACKING CHALLENGE
2D+Time Datasets – Cell Tracking Challenge
3D+Time Datasets – Cell Tracking Challenge
Segmentation Dataset for Transmission Electron Microscopic Cell Recordings, University of Freiburg
Computer Vision Group, Freiburg
zenodo
「segmentation」で検索した結果
Academics Torrents
「segmentation」で検索した結果
https://academictorrents.com/browse.php?c6=1&search=segmentation&sort_field=size&sort_dir=ASC
Tissue Image Analytics (TIA) Centre
TIA Centre: Datasets for Sharing
Allen Institute for Cell Science
ALLEN CELL EXPLORER - Allen Cell Explorer, the data portal of the Allen Institute for Cell Science
Object Research Systems
Dragonfly Sample Datasets | ORS
Genomic Data Commons Data Portal
National Cancer Institute, NIH
NBIA CBIIT Instance Retirement Notice - National Biomedical Imaging Archive - NCI Wiki
Cancer Imaging Archive
Osirix | DICOM Image Library (CT dataset)
https://www.osirix-viewer.com/resources/dicom-image-library/ [:title]
American Association for Anatomy's Virtual Microscope Database (バーチャルスライドデータ)
Beelden Pathologie (病理画像)
Beelden Pathologie - Radboudumc
NEURODATA (コネクトームデータ)
Nanotomy: Large-scale electron microscopy (EM) datasets
Michigan Histology and Virtual Microscopy Learning Resources
Cell Image library, Center for Research in Biological Systems, University of California, San Diego
miniJSRT_database | 日本放射線技術学会 画像部会
miniJSRT_database | 日本放射線技術学会 画像部会
コンペ系
Grand Challenge
ISBI 2019
kaggle.com(Image Data)
https://www.kaggle.com/tags/image-data
VisualData (一般画像認識課題)
VisualData Discovery - Search Engine for Computer Vision Datasets
まとめサイト
機械学習に使える医療系データセット【随時更新】
機械学習用データセット一覧（フリー素材）
【10個掲載】機械学習による画像分類で使えるデータセット
https://lionbridge.ai/ja/datasets/image-classification-datasets-for-machine-learning/
画像解析のためのバイオイメージデータベース@tokkuman
List of datasets for machine-learning research
List of datasets for machine-learning research - Wikipedia
50 Open Source Image Datasets for Computer Vision for Every Use Case
50 Open Source Image Datasets for Computer Vision for Every Use Case | TaQadam
参考資料
https://www.researchgate.net/post/Can_anyone_suggest_me_any_website_for_downloading_DICOM_files
R言語 CRAN Task View：医用画像解析 | トライフィールズ
List of Training Materials | BIII
11 Image data | Modern Statistics for Modern Biology
Quantitative Pathology & BioImage Analysis: QuPath - [NEUBIASAcademy@Home] Webinar - YouTube
The ANTsX ecosystem for quantitative biological and medical imaging | Scientific Reports
SAPHIR: a Shiny application to analyze tissue... | F1000Research
https://forum.image.sc/t/zerocostdl4mic-splinedist-notebook-now-available/47568
