京橋のバイオインフォマティシャンの日常

データ分析、コマンドライン、プログラミングについての技術資料・自己アップデート・悩み事などをまとめています。最近、ディープラーニング関連のR言語の資料をまとめるべく注力してます。

公共(バイオ)画像データのリポジトリをまとめてみた

ライフサイエンス・基礎生物、医療・医用などの画像データを中心に、 機械学習・深層学習に使えそうな、データセット関連のページリンクをまとめてみた。

【24 June 2021, updated】随時更新予定

Dataset Search - Google

Dataset Search

「segmentation」で検索した結果

Dataset Search

「3d sem」で検索した結果

Dataset Search

Kaggle - image

image data Datasets and Machine Learning Projects | Kaggle

Find Open Datasets and Machine Learning Projects | Kaggle

BioImageDbs - Bioconductor

Bioconductor - BioImageDbs

BioImage Archive (EMPIAR, Cell-IDR and Tissue-IDR)

Home < BioImage Archive < EMBL-EBI

BIAFlows

Biaflows

Broad Bioimage Benchmark Collection

Image Sets | Broad Bioimage Benchmark Collection

CELL TRACKING CHALLENGE

2D+Time Datasets – Cell Tracking Challenge

3D+Time Datasets – Cell Tracking Challenge

Segmentation Dataset for Transmission Electron Microscopic Cell Recordings, University of Freiburg

Computer Vision Group, Freiburg

zenodo

Zenodo - Research. Shared.

「segmentation」で検索した結果

Zenodo

Academics Torrents

Academic Torrents

「segmentation」で検索した結果

https://academictorrents.com/browse.php?c6=1&search=segmentation&sort_field=size&sort_dir=ASC

Tissue Image Analytics (TIA) Centre

TIA Centre: Datasets for Sharing

Allen Institute for Cell Science

ALLEN CELL EXPLORER - Home

Object Research Systems

Dragonfly Sample Datasets | ORS

Genomic Data Commons Data Portal

GDC

National Cancer Institute, NIH

National Cancer Institute

Cancer Imaging Archive

Welcome to The Cancer Imaging Archive - The Cancer Imaging Archive (TCIA)

Osirix | DICOM Image Library (CT dataset)

https://www.osirix-viewer.com/resources/dicom-image-library/ [:title]

American Association for Anatomy's Virtual Microscope Database (バーチャルスライドデータ)

VMD Website

Beelden Pathologie (病理画像)

Beelden Pathologie - Radboudumc

NEURODATA (コネクトームデータ)

Hildebrand et al. (2017)

Nanotomy: Large-scale electron microscopy (EM) datasets

www.nanotomy.org

Michigan Histology and Virtual Microscopy Learning Resources

All Resources | histology

Cell Image library, Center for Research in Biological Systems, University of California, San Diego

The Cell Image Library

miniJSRT_database | 日本放射線技術学会 画像部会

miniJSRT_database | 日本放射線技術学会 画像部会

コンペ系

Grand Challenge

Challenges - Grand Challenge

ISBI 2019

Challenges | ISBI 2019

kaggle.com(Image Data)

image data Datasets and Machine Learning Projects | Kaggle

VisualData (一般画像認識課題)

https://www.visualdata.io/discovery

まとめサイト

機械学習に使える医療系データセット【随時更新】

機械学習に使える医療系データセット【随時更新】

機械学習用データセット一覧(フリー素材)

機械学習用データセット一覧(フリー素材) | Md.lab

【10個掲載】機械学習による画像分類で使えるデータセット

【10個掲載】機械学習による画像分類で使えるデータセット | Lionbridge AI

画像解析のためのバイオイメージデータベース@tokkuman

画像解析のためのバイオイメージデータベース - Qiita

List of datasets for machine-learning research

List of datasets for machine-learning research - Wikipedia

50 Open Source Image Datasets for Computer Vision for Every Use Case

50 Open Source Image Datasets for Computer Vision for Every Use Case | TaQadam

参考資料

https://www.researchgate.net/post/Can_anyone_suggest_me_any_website_for_downloading_DICOM_files

R言語 CRAN Task View:医用画像解析 | トライフィールズ

List of Training Materials | BIII

11 Image data | Modern Statistics for Modern Biology

Quantitative Pathology & BioImage Analysis: QuPath - [NEUBIASAcademy@Home] Webinar - YouTube

QuPath | Quantitative Pathology & Bioimage Analysis

The ANTsX ecosystem for quantitative biological and medical imaging | Scientific Reports

SAPHIR: a Shiny application to analyze tissue... | F1000Research

ZeroCostDL4Mic SplineDist notebook now available - Announcements - Image.sc Forum

CSBDeep

GitHub - ML-Bioinfo-CEITEC/ECCB2020: ECCB2020 tutorial: Using Deep Learning For Image and Sequence Analysis