京橋のバイオインフォマティシャンの日常

データ分析、コマンドライン、プログラミングについての技術資料・自己アップデート・悩み事などをまとめています。現在、DL勉強中。

細胞形態デジタルATLASのWebページをまとめてた件〜生体組織や細胞の光顕画像・電顕画像を中心に〜

細胞形態の画像集をATLAS(アトラス / マップ集)としてまとめた教育サイトは、 海外を含めていくつかあるが、 Google検索してもそれらWebサイトに辿り着くのは至難である。

今回、生体組織・細胞の形態学や電顕画像を主なトピックとして、 無料で公開されているものに限って調査して、関連するWebサイトをまとめてみた。動物細胞、植物組織が含まれる。

見つかった電顕画像は、主に透過型電子顕微鏡(TEM)の超薄切片像であり、一部に走査型電子顕微鏡(SEM)で取られたバルク試料像や切片SEM像もある。また、細胞生物学、組織科学の基礎知識を記載しているページもあわせて掲載した。

今回調査した印象としては、純粋に、電顕写真だけの解説を見たいなら、Workshop Anatomy for the Internetが良いだろう。

また、組織科学の解説も確認したいなら、Michigan Histology and Virtual Microscopy Learning Resources が良いだろう。

20210年8月4日更新。随時更新予定。

日本国内 (無料公開)

理研微細構造画像メタデータベース(RIKEN MIM)

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マウス
ラット

短評: 網羅的組織微細構造解析(モルフォミックス)のプラットフォーム。組織切片の広域SEMデータが公開されている。

東京医科歯科大学 教養部 生物学分野

短評: 細胞構造の解説、細胞構造イラストと組織科学・電顕写真

短評: 細胞構造の解説、細胞イラストと電顕写真

海外 (無料公開)

Biology 130 Lab Review Images, University of Wisconsin

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Laboratory 3 : The Plant Cell

短評: 植物細胞の光顕・電顕画像。

ATLAS of PLANT and ANIMAL HISTOLOGY, Dpt. of Functional Biology and Health Sciences, Faculty of Biology, University of Vigo, Spain

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短評: 細胞生物学の解説、光顕・電顕画像。サイトデザインが良い。

The Internet Pathology Laboratory for Medical Education hosted By Eccles Health Sciences Library, The University of Utah

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短評: 正常細胞の構造、HIV粒子、Neoplasms、腎病変などの電顕像。

Michigan Histology and Virtual Microscopy Learning Resources, University of Michigan Medical School

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サブセクション

短評: 電顕画像、組織科学の解説がよく纏まっている。

Virtual Histology, Dartmouth Medical School, Dartmouth College

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サブセクション

短評: WSIが多い。電顕画像は細胞や組織の種類が豊富。

HUMAN STRUCTURE VIRTUAL HISTOLOGY, Indiana University School of Medicine

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短評: 解説と組織画像が丁寧に纏められている。次ページへのスクロールがやや面倒。

Workshop Anatomy for the Internet - English homepage -, Editor: Privatdozent Dr. med. habil. Holger Jastrow, Specialist in Anatomy

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サブセクション

短評: 様々な電顕画像が堪能できる。素晴らしい。

The Histology Guide, Faculty of Biological Sciences, University of Leeds

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短評: 細胞生物学の解説と写真のバランスは良い。デザインは良い。

SBPMD Histology Laboratory Manual, Columbia University College of Physicians and Surgeons

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短評: 解説が主。Webビューアに飛ばない。。

Image Galleries, Biomedical Imaging Unit, Laboratory and Pathology Block, Southampton General Hospital, University of Southampton

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短評: 画像が主。綺麗だけど、画像少なめ。

the University of Oklahoma Health Sciences Center Interactive Histology Atlas

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短評: 主に光顕のAtlas。

Cell Image Library, Center for Research in Biological Systems, University of California San Diego

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短評: たくさん画像データがある。撮像モダリティなどのメタデータが充実。

Histology Guide, Virtual microscopy laboratory (T. Clark Brelje and Robert L. Sorenson.)

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短評: 5 Aug 2021に追加。細胞生物学の解説と電顕画像がうまくマージされている。

Selected Websites, Anatomy & Physiology Guide, Campus Library, University of Washington Bothell & Cascadia College

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短評: 5 Aug 2021に追加。学生用のまとめサイト。

Histology Text Atlas Book, visualhistology.com

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短評: 5 Aug 2021に追加。教科書的な内容がまとまっている。

付録 - 有料画像集

短評: マニアックにも電顕写真がある。ライセンスは細かく分かれている。やや高めな印象。