京橋のバイオインフォマティシャンの日常

データ分析、コマンドライン、プログラミングについての技術資料・自己アップデート・悩み事などをまとめています。最近、ディープラーニング関連のR言語の資料をまとめるべく注力してます。

MacOSXでの「R CMD check --as-cran」実行時のエラー対応について

R CMD check --as-cranは、 R/CRANパッケージ作成時に実行するチェックコマンドの1つである。

久々に、checkコマンドを叩くと見慣れないエラーが連発したので、 その際の対応をメモ程度に残しておくことにする。

Error in texi2dvi への対応

以下のようなエラーが出た場合には、

* checking PDF version of manual ... WARNING
LaTeX errors when creating PDF version.
This typically indicates Rd problems.
* checking PDF version of manual without hyperrefs or index ... ERROR
Re-running with no redirection of stdout/stderr.
Hmm ... looks like a package
Error in texi2dvi(file = file, pdf = TRUE, clean = clean, quiet = quiet,  : 
  pdflatex is not available
Error in texi2dvi(file = file, pdf = TRUE, clean = clean, quiet = quiet,  : 
  pdflatex is not available
You may want to clean up by 'rm -Rf /var/folders/vz/hq44m17x5jvdzg6n6nbfb8380000gn/T//RtmpwyHygN/Rd2pdf5641462210a4'
Error in running tools::texi2pdf()

その解決法として、 pdf2htmlexなどをHomebrewでインストールした。

#インストール実行
brew install pdf2htmlex
brew install texinfo
brew install basictex
exit

インストールが完了したら、一度、exitでターミナルを閉じる。

LaTeX errors when creating PDF version. への対応

以下のようなエラーが出た場合には、

* checking PDF version of manual ... WARNING
LaTeX errors when creating PDF version.
This typically indicates Rd problems.
LaTeX errors found:
! LaTeX Error: File 'inconsolata.sty' not found.

Type X to quit or <RETURN> to proceed,
or enter new name. (Default extension: sty)

! Emergency stop.
<read *> 
         
l.287 ^^M
         
!  ==> Fatal error occurred, no output PDF file produced!
* checking PDF version of manual without hyperrefs or index ... ERROR
* checking for non-standard things in the check directory ... NOTE

その解決法として、 tlmgrのアップデートとか、pandocとかをインストールする。

#tlmgrのパス確認
which tlmgr
#/Library/TeX/texbin/tlmgr

#インストール実行
sudo tlmgr update --self
sudo tlmgr update --all
sudo tlmgr install titling framed inconsolata
sudo tlmgr install collection-fontsrecommended
brew install pandoc

実際、ワークショップ資料の作成時に、 これらのエラーは、結構面倒な問題であった。

参考

stackoverflow.com