2021-01-01から1年間の記事一覧
画像アレイデータを提供するexperimentHubパッケージ BioImageDbsのインストール BioImageDbsのデータセット表示 画像アレイデータのダウンロード (1) EM_id0001_Brain_CA1_hippocampus_region (2) LM_id0001_DIC_C2DH_HeLa 画像アレイデータを提供するexper…
はじめに テキスト処理の関連記事 下準備について 近似的文字列マッティング agrep ＆ agrepl 関数 adist 関数 stringdist / stringdistmatrix関数で、文字列間の距離指標を計算する あとがき 参考資料 はじめに 文字列処理・テキスト処理とは、プログラミン…
はじめに base::message()関数 Crayon - stylish terminal output in R Crayonのインストール 実行 textcolor: Colourise text for display in the terminal. GerminaRのインストール 実行 【Rのジミ〜な小技シリーズ】 参考資料 はじめに R言語で、message(…
はじめに 楕円の作図 斜め楕円の作図 後書き 参考資料 はじめに ふと、夏季休暇中に、 楕円の公式のパラメータを変えたときに、 どんな図形になるんだったっけと思い立ち、 Rで、アニメーションのプログラムを作ってみた。 楕円の公式を解析的に解いてみて作…
序章 関連パッケージのインストール ひまわり画像をwikipediaからダウンロードして表示する Imageクラスを「行列」に変換する RGB成分を3D表示する ヒマワリ画像を64x64ピクセルでクロップ（分割）する 主成分分析(PCA)、累積寄与率の計算と可視化 PCA結果の…
はじめに rsyncのインストール rsyncの使い方 バッチファイルでのrsyncコマンドの実行 rsyncのオプション一覧 LINUX/Macの基本コマンドの関連記事 参考資料 はじめに rsyncは、ディレクトリ・ファイルをローカルあるいはリモートマシンと同期させるコマンド…
はじめに cd : ディレクトリ移動 cat : ファイル内表示・結合・作成 head / tail : ファイルの先頭や末尾を表示 覚えておくと良いターミナルコマンド ターミナルコマンド補足編 まとめ LINUX/Macの基本コマンドの関連記事 はじめに ターミナル上で、よく使う…
序章 日本国内 (無料公開) 理研微細構造画像メタデータベース(RIKEN MIM) マウス ラット 東京医科歯科大学 教養部 生物学分野 海外 (無料公開) Biology 130 Lab Review Images, University of Wisconsin Laboratory 3 : The Plant Cell ATLAS of PLANT and A…
はじめに パッケージのインストール ひまわり画像をwikipediaからダウンロードして表示する RGB画像をヒストグラムで表示する グレー画像をヒストグラムで表示する RGB画像を各成分に分離して、各画像を表示する フィルターを変えて、画像の縮小を行い、結果…
テキスト解析で考慮すべき１３のポイント【随時更新予定】 Rプログラム テキスト解析で考慮すべき１３のポイント【随時更新予定】 No 大項目 小項目 DB / Tools 備考 1 タスク選定 テキストマイニング / 固有表現認識 (NER) / その他 2 言語 英語 / 日本語 /…
はじめに rtweetの諸設定から もし「Error in default_cached_auth():」がでた時の対処 米国株をクエリに呟きを検索してみる。 つぶやきの形態素解析 単語感情極性対応表を使った感情分析 全つぶやきで、感情分析してみる。 まとめ 補足 M1 Macでのmecabのイ…
はじめに ls コマンドの基本 オプション付き ls コマンドの実行例 隠し（ドット）ファイルも表示 隠し（ドット）ファイルも表示（ただし、「.」「..」を除く） 「再帰的（recursive）」に表示 カンマで区切って表示 ファイル情報の詳細表示（-l: デフォルト…
はじめに Google Chrome OneTab はじめに OneTab は、ブラウザで開いている沢山のタブをワンクリックでリスト化、 またはリストを復元・共有できてしまう神的ツールである。 日頃から、沢山のタブを開いたままにして、ブラウザが重くて仕方ないという状況に…
はじめに dupeguruのインストール・実行 dupeguruの使い方の概要 まとめ 参考資料 はじめに 今回の記事は、コンピュータ上の重複ファイルを検索するソフトウェア「dupeguru」を紹介します。。 このソフトウェアでは、 ファイル名またはコンテンツのいずれか…
htopのインストール htopの実行 今回は、ターミナル・タスクマネージャーであるhtopの紹介記事である。 (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); htopのインストール MacOSXとCentOSでのCUIインストール方法は、 ターミナルを起動して、以下のコ…
はじめに sshpassのインストール sshpassのUsage R上でSSHを実行するとバグるよ・・・ R上でのSCP実行はうまくいく scpコマンドの具体例 まとめ 参考資料 はじめに R上でshコマンドを実行する際に、しばしば、パスワードの受け渡し・認証の問題でエラーが起…
はじめに 公共（バイオ）画像データのリポジトリ Dataset Search - Google Kaggle - image BioImageDbs - Bioconductor BioImage Archive (EMPIAR, Cell-IDR and Tissue-IDR) BIAFlows Broad Bioimage Benchmark Collection CELL TRACKING CHALLENGE Segment…
はじめに 関連パッケージのインストール Getting started (1) 英語論文での事例 Getting started (2) 日本語資料での事例 他のユーティリティについて pdf_toc関数で目次(ToC)を取得・表示する メタデータに関する情報 まとめ はじめに 科学論文などの文献資…
deepRstudio: DeepL API および rstudioapi を使用した RStudio でのシームレスな言語翻訳 (2023年8月24日 更新) はじめに DeepL登録HP DeepL APIを使って、和訳・英訳をやってみる。 DeepLの練習(1)いつもの例題: 英語 to 日本語 DeepLの練習(2)専門的な文…
概要 イントロダクション ゲノム解析の関連記事 Bioconductor - RNAseq123 Bioconductorパッケージのインストール データ・ダウンロード セットアップ 関連パッケージの読み込み TXTデータの読み込み サンプルにアノテーションをつける。 遺伝子をアノテーシ…
はじめに パッケージのインストール knitr::kableを用いた実行例 mmtable2を用いた実行例 参考資料 はじめに knitrパッケージは、R言語による動的レポート生成のための汎用パッケージであって、Literate Programmingの手法を用いたRでの動的なレポート生成の…
はじめに MacTexのインストール universal-darwinの方にもパスの設定 tlmgr のパス確認とアップデート 参考記事 はじめに OSをクリーンインストールすると、色々と消えてて面倒である。 本記事は、消えたその１つである、MacTexをインストールした時の話であ…
はじめに まずは、デフォルト情報の確認 ユーザー作成の実行例 実行例（1）: デフォルトユーザーの作成 実行例（2）: ユーザー作成 + ホームディレクトリのみ作成 実行例（2'）: ユーザー作成 + ホームディレクトリ作成をしない 実行例（3）: ユーザー作成 +…
はじめに - Devel版R Quick start 個人的には、 -d とか-vとかのオプションを入れて、openでアクセスするのがリコメンド 最後に一言 はじめに - Devel版R Devel版R（あるいは、R-devel）は、 パッケージ開発者用に配布されていて、 最新(安定版)の次のRバー…
はじめに Rの削除 R-4のダウンロード & コンパイル Rstudio-server で、Rパスを確認する方法 補足 参考資料 はじめに 現在（2021年4月）、CentOS7のepelリポジトリからインストールできるRバージョンは、「R-3.6.0-1.el7.x86_64」です。 「R-4.x」シリーズを…
はじめに データセット一覧 Documentation for package ‘datasets’ version 4.1.0 参考資料 【Rのジミ〜な小技シリーズ】 R言語 入門について関連図書 RStudio 入門書 はじめに 2021年４月現在、R言語で使用できるデータセット一覧をまとめてみた。 概要の和…
過去に作成した、Autodock関係の説明資料（AutoDock、AutoDock Vina、Raccoon、Ligplot+）をこちらにもまとめてみた。 AutoDock AutoDock_japanese_ver.1.0 AutoDock_japanese_ver.1.0 from Satoshi Kume Autodock Vina AutoDock_vina_japanese_ver.3.0 Auto…
はじめに RStudio Server for Red Hat/CentOS のダウンロード・インストール rserver.confファイルの設定 rsession.confファイルの設定 CentOS版 nginx の設定 nginx.confの再作成・編集 default.confの作成・編集 nginxの再起動 リダイレクトの確認 参照資…
はじめに jsTreeを使ったツリーリスト表示 事前準備をする jsTreeを使った実行例（１） jsTreeを使った実行例（２） jsTreeを使った実行例（３） jsTreeを使った実行例（４） jsTreeRを使ったツリーリスト表示 事前準備をする jsTreeRを使った実行例（１） j…
サイコロゲーム - 序章 実行結果（１） 実行結果（２） （GIF動画作成の場合）ImageMagickのインストール 過去の参考記事 SaikoroGame 関数 補足 6以外が10回出続ける確率 list.files実行について 参考資料 サイコロゲーム - 序章 サイコロを振って、１から…
