京橋のバイオインフォマティシャンの日常

南国のビーチパラソルの下で、Rプログラムを打ってる日常を求めて、、Daily Life of Bioinformatician in Kyobashi of Osaka

2020-05-01から1ヶ月間の記事一覧

【R言語】データサイズ・行数が異なるテキストファイルにおけるファイル読み込み関数の速度比較

はじめに 実行環境 検証用のファイル生成 opensslコマンドを用いた、ランダム文字列の生成 echoとtrコマンドを用いた文字列の生成 seqコマンドを用いた連番数字の生成 seqコマンドを用いた検証用ファイルの生成 Rでのファイル読み込み検証 utils::read.table…

初心者向け ソフトウェア開発プラットフォーム GitHub API( git & gist コマンド )の使い方入門

はじめに 実行環境 git のインストールとログイン gitのインストール・コマンドの実行 はじめの設定 gitコマンドの使い方 (1)ローカルフォルダ作成からやる場合 1. ローカルリポジトリの初期化 2. .md/code などを作成・編集する 3. インデックスへの…

Rパッケージ探索のための情報サイトをまとめてみた件 〜2020年版〜

はじめに CRAN系 CRAN Task Views The R Journal RWeekly.org CRANberries RStudio系 R Views RStudio Blog RStudio AI Blog Conductor系 Bioconductor Neuroconductor その他 rOpenSci seekR R bloggers Awesome DataCamp はじめに 特に、パッケージユーザ…

【macOS X編】 Homebrewで、RStudio Serverをインストールしてみた件 + nginx設定

この記事で行われるMacローカルでのRStudio Server(RStudioサーバー)の構築法は推奨しておらず(2020年9月13日現在)、この記事に辿り着かれた方は、下記の記事で、Dockerを使ったRStudio Serverの構築法を参照ください。 はじめに macOS X編 RStudio Serv…

2020年版 無料かつ会員登録不要の『データ解析関連のオンライン講座』を調査した件【5/6更新】

調査の背景 (ちょっと脱線)大学の無料公開動画 OCWとか データ解析に必要な素養 データ解析の基礎となる知識 統計学の基礎 確率統計 予備校のノリで学ぶ「大学の数学・物理」 【データの分析が超わかる!】◆分散・標準偏差 (高校数学Ⅰ・A) 看護・保健系…

grepコマンド で基本的なテキスト処理をまとめてみた件

はじめに 前準備 適当な作業フォルダを作成して、同フォルダ内に移動する。 サンプルテキスト(text.txt)をGitHubからダウンロードする まず、test.txt ファイルの中を表示してみると grep コマンド の基本 まずは、ファイル内の文字列操作に関するコマンド…

Homebrewで OpenJDK の特定バージョンをインストールするときのTips

Homebrewのインストール・環境設定のやり方については以前の記事を参考に Java について バージョン対応表 brewを使って、OpenJDK 12 をMacにインストールする方法 AdoptOpenJDK/openjdk の formula を追加する OpenJDK (コマンドでは小文字) を検索しておく…

macOS用パッケージマネージャー Homebrewのやり方をいつも微妙に忘れてしまう件

はじめに 実際のHomebrewの環境構築について概説する。 Homebrew のインストール・環境構築 Terminal を起動する Terminalに以下のコマンドをコピペして実行する Homebrewの事始めに確認しておくこと brewのパスを確認しておく brewに問題がないかをチェック…