pdflatexが必要になって、久々にMacTexをインストールしてみた件

はじめに

OSをクリーンインストールすると、色々と消えてて面倒である。

本記事は、消えたその１つである、MacTexをインストールした時の話である。

MacTexのインストール

Homebrewをインストールして、ターミナルで以下を実行する。

skume.net

brew update
brew install mactex
#実行時にパスワードを入力

#OR
#brew install --cask mactex
#実行時にパスワードを入力

一度、ターミナルを閉じて、再度起動する。

そして、texのパスとバージョンを確認する。

#パス確認
which tex
#/Library/TeX/texbin/tex

#バージョン確認
tex -version
#TeX 3.141592653 (TeX Live 2021)
#kpathsea version 6.3.3
#Copyright 2021 D.E. Knuth.
#There is NO warranty.  Redistribution of this software is
#covered by the terms of both the TeX copyright and
#the Lesser GNU General Public License.
#For more information about these matters, see the file
#named COPYING and the TeX source.
#Primary author of TeX: D.E. Knuth.

universal-darwinの方にもパスの設定

デフォルトでも良いような気がするんだが、、 universal-darwinの方に、パスの設定をするようにと書き込みがあったので、それも実行しておく。

texliveは、年ごとでフォルダが分かれるので、フォルダ名(ex. 2021)を先に見ておく。

#フォルダ表示
ls /usr/local/texlive
#2021      texmf-local

#.bash_profileにパス追加
echo 'export PATH="/usr/local/texlive/2021/bin/universal-darwin:$PATH"' >> ~/.bash_profile

#2023年版の実行例: $は外してください。
$ which pdflatex 
#pdflatex not found
$ ls /usr/local/texlive
#2023      texmf-local
$ echo 'export PATH="/usr/local/texlive/2023/bin/universal-darwin:$PATH"' >> ~/.bash_profile

#確認
cat ~/.bash_profile

#適用
source ~/.bash_profile
#OR ターミナルの再起動

#パス確認
which tex
#/usr/local/texlive/2021/bin/universal-darwin/tex

御所望の pdflatex のパスも確認してみる。

which pdflatex
#/usr/local/texlive/2021/bin/universal-darwin/pdflatex

これで設定は、OK。

tlmgr のパス確認とアップデート

あとは、TeX Live のパッケージ管理ツールである tlmgr のパス確認とアップデートも行っておく。

#パス確認
which tlmgr
#/usr/local/texlive/2021/bin/universal-darwin/tlmgr

#アップデート
sudo tlmgr update --self --all

MacTexのセットアップは以上である。

参考記事

tex.stackexchange.com

【LINUX/Macの基本コマンド②】ユーザーー覧の確認、ユーザーの追加・権限付与をする

はじめに

CentOSでの、ユーザー追加や変更、権限付与についてまとめた。

今回は、基本、sudo権限でコマンド実行する。

「root」ユーザーで実行する場合には、sudoは不要。

まずは、デフォルト情報の確認

ターミナルを起動して、以下のコマンドで見える。

#作成されるユーザーのデフォルト設定値を確認する
#これだけでは、ユーザーは作成されない

useradd -D
#GROUP=100
#HOME=/home
#INACTIVE=-1
#EXPIRE=
#SHELL=/bin/bash
#SKEL=/etc/skel
#CREATE_MAIL_SPOOL=yes

#OR
#cat /etc/default/useradd

また、デフォルト値の変更もできる。

useradd -D [Option]

あるいは、vim /etc/default/useraddとかで、ファイルを直接編集しても良い。

ユーザー作成の実行例

実行例（1）: デフォルトユーザーの作成

#ユーザー作成
useradd [User name]
#パスワード設定
passwd [User name]
# => PWを2回入力
#ユーザー [User name] のパスワードを変更。
#新しいパスワード:
#新しいパスワードを再入力してください:
#passwd: すべての認証トークンが正しく更新できました。

実行例（2）: ユーザー作成 + ホームディレクトリのみ作成

#ユーザー作成
sudo useradd -m [User name]
#パスワード設定
sudo passwd [User name]
#PWを2回入力

#ユーザーフォルダの確認
ls ../

ここで、ターミナルから、作成されたユーザーにログインしても、Homeディレクトリに、perl5しかフォルダ作成されていない・・・

$ ls
perl5
$ ls -a
.   .bash_logout   .bashrc  .config  .local    .ssh
..  .bash_profile  .cache   .emacs   .mozilla  perl5

これの解決法については、一度、GUI画面からログインすれば、 ホームディレクトリ配下に、デスクトップなどの各ディレクトリが作成される。

実行例（2'）: ユーザー作成 + ホームディレクトリ作成をしない

#ユーザー作成 + -M オプション
sudo useradd -M [User name]

実行例（3）: ユーザー作成 + sudo 権限付与

#ユーザー作成
useradd -m [User name]
#パスワード設定
passwd [User name]
#PWを2回入力

ここまでは、上記と同じ。

次に、wheelグループに全てのコマンド実行権を与えて、 ユーザーをそのグループに追加する。

#設定ファイルの表示
sudo cat /etc/sudoers
#or
#sudo visudo

#wheelが含まれる行のみ出力
sudo cat /etc/sudoers | grep "wheel"
## Allows people in group wheel to run all commands
#%wheel    ALL=(ALL)   ALL

#編集
sudo vim /etc/sudoers

ここで、#%wheel ALL=(ALL) ALLのコメントアウトを外す。

続いて、wheelグループに追加する。

#追加
usermod -G wheel [User name]

#所属グループの確認
groups [User name]

その他の関連コマンド

「root」になる

#ユーザー変更
su root

whoami
#root

ユーザーの切り替え

#(1) ユーザー切替後の設定環境を使用する。
su - [User name]

#(2) ユーザー切替前の設定環境を使用する。
su [User name]

ユーザー削除 + ホームディレクトリの削除

userdel -r [Your user name]

ユーザー一覧の確認（デフォルトHOMEなら）

cat /etc/passwd | grep "/home/" | sed -e 's/:.*//g'

後日、アカウントにコメントをつける

#コメント付与
usermod -c " ## test ## "  [User name]

#コメント確認
cat /etc/passwd | grep "[User name]"

passwdのユーザー名のところに、コメントが記載されている。

また、GUIでのログイン時に、ログイン画面にコメントが表示される。

所属グループなどの確認

#idコマンドでの確認
id -a [User name]
#uid=1002([User name]) gid=1002([User name]) groups=1002([User name]),10(wheel)

#groupsコマンドでの確認
#現在のユーザー
groups
#OR ユーザー指定
groups [User name]

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補足

「useradd」と「adduser」

CentOSでは、adduserコマンドは、useraddコマンドのリンクコマンドとなっているようだ。なので、同じコマンド。

ログイン時のメッセージ表示（/etc/motd）

/etc/motd に書き込むと、すべてのユーザーで表示される。

#編集
sudo vim /etc/motd

#テキトーに文字列を書き込み

#作成後に表示
cat /etc/motd

（sshで）再ログインしてみると、書き込んだ文字列が表示される。

また、ユーザー個別に表示させたい場合には、各ユーザーの.bash_profileに、echoやcatなどの表示コマンドで書き込むと良い。

ユーザー個別にドット絵を表示させる場合

#GitHubからドット絵をダウンロードする
wget https://gist.githubusercontent.com/makocchi-git/9775443/raw/6747aa4a65e4293201289899931fe04472c5cfcf/metal-slime.txt

#ピクチャに移動
mv metal-slime.txt Pictures

#表示
cat ./Pictures/metal-slime.txt

やることとしては、.bash_profileに、 cat ./Pictures/metal-slime.txtを１行書き込むだけ。

#書き込み
echo 'cat ./Pictures/metal-slime.txt' >> ~/.bash_profile

#確認
cat .bash_profile

#ログアウト
exit

再ログインした際に、スライムが表示される。

参考資料

www.server-memo.net

kazmax.zpp.jp

qiita.com

papix.hatenablog.com

github.com

「Devel版R の Dockerイメージ for Bioconductor」を使ってみた件

はじめに - Devel版R

Devel版R（あるいは、R-devel）は、 パッケージ開発者用に配布されていて、 最新(安定版)の次のRバージョンである。

Bioconductorのページを参考にして、 Devel版RのDockerイメージを使ってみたので、その方法をメモしておく。

bioconductor.org

Mac版 Dockerのインストールや設定は、過去の記事を参考のこと。

skume.net

Bioconductorのサイトに載っている、Quick start の手順は以下のとおりである。

Quick start

1. Docker インストール & 起動

2. ターミナルを起動する

3. Biocイメージのダウンロード・起動

docker run \
     -e PASSWORD=bioc \
     -p 8787:8787 \
     bioconductor/bioconductor_docker:devel

4. Webブラウザで、「http://localhost:8787」にアクセス。

5. 終了時は、ターミナルをアクティブにして「コントロール + c」で停止する。

これでも、悪いことはないけど、好みの問題かも。

個人的には、 -d とか-vとかのオプションを入れて、openでアクセスするのがリコメンド

Devel版なので、Root権限、フォルダの共有もしておきたいということで、以下の手順となった。

1. Docker インストール & 起動

2. ターミナルを起動する & 作業ディレクトリに移動する

3. Biocイメージのダウンロード・起動 + 「 -d & -v 」オプション etc

#Dockerコンテナの作成 & 起動
docker run \
     -d \
     --name bioc \
     -v $(pwd)/Bioc:/home/rstudio/Bioc \
     -e ROOT=TRUE \
     -e PASSWORD=bioc \
     -p 8787:8787 \
     bioconductor/bioconductor_docker:devel

-vオプション（Docker側へのフォルダ参照の指定）は、適時、Biocを書き換えて使用する。

また、R上から実行する場合には、バックスラッシュ x 2 \\ となる。

#Dockerコンテナの作成 & 起動
system("docker run \\
        -d \\
        --name bioc \\
        -v $(pwd)/Bioc:/home/rstudio/Bioc \\
        -e ROOT=TRUE \\
        -e PASSWORD=bioc \\
        -p 8787:8787 \\
        bioconductor/bioconductor_docker:devel")

4. openコマンドで、Webブラウザ起動

open http://localhost:8787

#R上から
system("open http://localhost:8787")

5. 終了時にやること

#コンテナ起動の確認
docker ps

#Dockerコンテナの停止
docker stop [CONTAINER ID]

最後に一言

Devel版Rは、普段使いにはあれなので、Dcokerにしよう。