はじめに R/Kerasのセットアップ MNISTデータの準備 Autoencoder with 2D CNN のモデル構築 ちょっとした関数の説明 DLモデルの出力 結果の評価 色ムラに対するDenoising Autoencoder 色ムラがある手書き文字の生成 Autoencoder for denoising モデルの構築 …

はじめに（2022年1月アップデート版） Homebrew でPython３をインストールする。 実行環境 Homebrew で、Python３ をインストールする Pythonパスを確認する 次にやること・・・パスの優先度の変更 /opt/homebrew/binのエイリアス名を変える まとめ Python …

はじめに NASDAQ-100のWikipediaページ、Rでの下準備 NASDAQ-100 使用するパッケージの事前準備 Wikipediaページからの銘柄リストの取得 NASDAQ-100 NASDAQ-100銘柄の年間パフォーマンスをアニメーションにする 1年間のパフォーマンス ツリーマップのアニメ…

特定パッケージだけを削除する方法 R環境での実行例 補足: 他の関数群 特定パッケージだけを削除する方法 Rのデフォルトパッケージを残して、 追加でインストールしたパッケージだけを削除する方法をメモしておく。 パッケージがいろいろと増えてくると、 パ…

SRA Toolkitの設定 fasterq-dumpコマンドで、FASTQファイルを高速に取得する fasterq-dumpの基本形 複数のSRAオブジェクトに対する、fasterq-dumpの実行 fasterq-dumpのオプション 補足 single-endか、paired-endの判定プログラム fastq-dumpコマンドとの相…

はじめに R言語のおすすめ入門本 5 選 + アルファを紹介！！ 改訂2版 RユーザのためのRStudio[実践]入門〜tidyverseによるモダンな分析フローの世界 R言語ではじめるプログラミングとデータ分析 Rでらくらくデータ分析入門 ~効率的なデータ加工のための基礎…

SRA Toolkitの設定 prefetchコマンドについて prefetchの基本形 prefetchの代表的なオプション 複数のSRAファイルを一度にダウンロードする 補足 シェルスクリプトで、複数のFASTA形式ファイル（+ gz圧縮）をダウンロードする。 ゲノム解析の関連記事 参考資…

はじめに 関連パッケージの読み込み SRA Toolkit / fastq-dump コマンドを使って、FASTQファイルを取得する。 FASTQファイルの読み込み リード長を取り出す方法 クオリティスコアを可視化する サイクルごとにクオリティスコアを可視化する まとめ ゲノム解析…

はじめに Pathophysiology / 病態生理 過去の記事 はじめに この記事は、2021年12月30日現在のWikipedia 英語記事「COVID-19」を日本語訳したものである。 en.wikipedia.org この情報は英語ページにはありますが、まだ日本語ページは存在していません。結構…

はじめに Transmission / 伝染 その3に続く はじめに この記事は、2021年12月30日現在のWikipedia 英語記事「COVID-19」を日本語訳したものである。 en.wikipedia.org この情報は英語ページにはありますが、まだ日本語ページは存在していません。結構しっか…

はじめに 概要 その2に続く はじめに この記事は、2021年12月30日現在のWikipedia 英語記事「COVID-19」を日本語訳したものである。 en.wikipedia.org この情報は英語ページにはありますが、まだ日本語ページは存在していません。結構しっかりした内容だった…

リボソームは、細胞内のタンパク質の合成装置である リボソーマルRNA（rRNA） 16S rRNA とは？？ 16S rRNAの特徴 16S rRNA 遺伝子検出と次世代シーケンスの利用 まとめ 参考資料 リボソームは、細胞内のタンパク質の合成装置である まず、リボソーム（riboso…

はじめに - SRA Toolkitについて - wgetコマンドを使って、SRA Toolkitを取得する sratoolkit.2.11.2-mac64のパス設定 SRA Toolkitでよく使うツール fastq-dumpを使って、NCBIからシークエンスデータをダウンロードする SRAを取得して、FASTQファイルに変換…

はじめに .commandのバッチファイルを作成する shスクリプトをコピペする .commandファイルに実行権限を与える 補足: chmodの使い方 はじめに Macで、フォルダごとファイルをアップロードしたときに、 一緒についてくる隠しファイルが邪魔と感じたことがある…

この記事は、2021年12月15日現在のWikipedia 英語記事「Coronavirus」の一部を日本語翻訳したものである。 en.wikipedia.org この情報は、Wikipediaの英語ページのみにあり、まだ日本語ページは存在していません。結構しっかりした内容で発信するのに有用だ…

この記事は、2021年12月15日現在のWikipedia 英語記事「Coronavirus」の一部を日本語翻訳したものである。 en.wikipedia.org この情報は、Wikipediaの英語ページのみにあり、まだ日本語ページは存在していません。結構しっかりした内容で発信するのに有用だ…

この記事は、2021年12月15日現在のWikipedia 英語記事「Coronavirus」の一部を日本語翻訳したものである。 en.wikipedia.org この情報は、Wikipediaの英語ページのみにあり、まだ日本語ページは存在していません。結構しっかりした内容で発信するのに有用だ…

はじめに Genome organization / ゲノム構造 Viral structural proteins / ウイルス構造タンパク質 Essential regulatory elements / 必須の規制要素 Accessory regulatory proteins / アクセサリー制御タンパク質 RNA secondary structure / RNAの二次構造 …

前書き 解凍ソフトウェアのインストール ファイルの拡張子をpptxからzipに変更する The Unarchiverでzipファイルに展開する 同じ名前のフォルダが解凍されると、ほぼ完了である。 まとめ 前書き 今回、やることは、タイトルの通りである。 パワポファイル（.…

はじめに 概要 Structure / 構造 その2に続く はじめに この記事は、2021年12月13日現在のWikipedia 英語記事「Structure and genome of HIV」を日本語翻訳したものである。 en.wikipedia.org この情報は、Wikipediaの英語ページのみにあり、まだ日本語ペー…

はじめに DNAの基礎知識 seqinrパッケージのインストール seqinrパッケージを使って、DNA配列データを扱う 配列データを使った基本的な処理 seqinr::AAstat 関数 補足 seqinr: Biological Sequences Retrieval and Analysis DNAコドン表 RNAコドン表 はじめ…

はじめに 使用する関数群の概要 paste関数 parse関数 eval関数 「eval + parse + text + paste」型の実装例 (1) 基本形 「eval + parse + text + paste」型の実装例 (2) assign関数を使う まとめ 参考資料 はじめに R言語では、文字列をRの命令文として実行…

はじめに 今回扱う、コマンドラインの先頭とは それでは、実際に変更してみる。 参考資料 はじめに MacOS X Catalina（10.15）より、Macのデフォルトシェルが、Z Shell（zsh）に代わった。 どうも、Macで使用していたbashはバージョンが古いままで、 当時、…

Mac版Rのアンイストールについての諸事 「4.2 Uninstalling under macOS」の原文 Mac版Rのアンイストールについての諸事 Mac版Rは、GUI（R.APP）とR frameworkから構成されている。 そのため、アンイストール時には、それらフォルダを削除する。 一般的なイ…

はじめに History / ヒストリー Reported cases / 報告された事例 Market reactions / マーケットの反応 International response / 国際的な対応 はじめに この記事は、2021年12月8日現在のWikipedia 英語記事「SARS-CoV-2 Omicron variant」を日本語翻訳し…

はじめに Prevention / 予防 Treatment / 治療 Epidemiology / 疫学 統計 / Statistics その4に続く はじめに この記事は、2021年12月7日現在のWikipedia 英語記事「SARS-CoV-2 Omicron variant」を日本語翻訳したものである。 過去の記事「Wikipedia 英語記…

はじめに Signs and symptoms / 兆候と症状 Characteristics / 特徴 Diagnosis / 診断 その3に続く はじめに この記事は、2021年12月7日現在のWikipedia 英語記事「SARS-CoV-2 Omicron variant」を日本語翻訳したものである。 過去の記事「Wikipedia 英語記…

はじめに 概要 Classification / 分類 Nomenclature / 命名法 Mutations / 変異 Possible consequences / 想定される影響 その2に続く はじめに この記事は、2021年12月5日現在のWikipedia 英語記事「SARS-CoV-2 Omicron variant」を日本語翻訳したものであ…

はじめに Error in texi2dvi への対応 LaTeX errors when creating PDF version. への対応 参考 はじめに R CMD check --as-cranは、 R/CRANパッケージ作成時に実行するチェックコマンドの１つである。 久々に、checkコマンドを叩くと見慣れないエラーが連発…

はじめに Rコードのバックグラウンド実行 最後に はじめに Macターミナルから Rコマンドを実行する最も便利な方法は、 Rscriptコマンドを使用することである。 Rscriptコマンドは、#!スクリプト*1や、 その他のスクリプトアプリケーションで使用するための代…